托尔布津不理。
八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。
八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。
侵略军被围困，战死病死很多，826名俄军，最后只剩66人。
雅克萨城旦夕可下，俄国摄政王索菲亚急忙向清请求撤围，遣使议定边界。
清答应所请，准许侵略军残部撤往尼布楚。
雅克萨之战结束后，双方于康熙二十八年（1689年）七月二十四日缔结了《中俄尼布楚约》，规定以外兴安岭至海格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。
康熙亲政不久后，便宣布停止圈地，放宽垦荒地的免税年限。
他还着手整顿吏治，恢复了京察、大计等考核制度。
为了防止被臣下蒙蔽欺骗，康熙还亲自出京巡视，了解民情吏治。
其中最著名的是六次南巡，此外还有三次东巡、一次西巡，以及数百次巡查京畿和蒙古，此举极大的促进了康熙对民情的了解，他还亲自巡视黄河河道，督察河工，并下令整修永定河河道。
康熙晚年倦勤，导致官吏贪污，吏治败坏。
康熙四十九年（1710年），御史参劾户部堂官希福纳等侵贪户部内仓银六十四万余两，牵连的官吏多达一百一十二人。
康熙说“朕反复思之，终夜不寐，若将伊等审问，获罪之人甚多矣”
[10]。
最后只把希福纳革职，其余官吏则勒限赔款。
康熙强调兴礼教。
他在康熙十八年下诏说：“盛治之世，余一余三。
盖仓廪足而礼教兴，水旱乃可无虞。
比闻小民不知积蓄，一逢歉岁，率致流移。
夫兴俭化民，食时用礼，惟良有司是赖。”
康熙自幼就对儒家学说充满浓厚兴趣，认为“殊觉义理无穷，乐此不倦”
。
康熙十六年十二月，他在御制《日讲四书解义序》中，明确宣布清廷要将治统与道统合一，以儒家学说为治国之本。
他曾多次举办博学鸿儒科，创建了南书房制度，并亲临曲阜拜谒孔庙。
康熙还组织编辑与出版了《康熙字典》、《古今图书集成》、《历象考成》、《数理精蕴》、《康熙永年历法》、《康熙皇舆全览图》等图书、历法和地图。
敬敏皇贵妃，章佳氏（？——1699），满洲镶黄旗人，参领海宽之女。
康熙二十五年生皇十三子允祥。
后又生生二女，下嫁仓津，多尔济。
康熙三十八年七月二十五日薨，追封敏妃。
雍正初年，雍正帝因为胤祥的缘故，追封章佳氏为皇考敬敏皇贵妃，并祔葬景陵，开了清朝皇贵妃陪葬的先例。
章佳氏是唯一一个陪葬康熙的妃子。
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